Prospěchové stipendium se řídí pokyny náměstka ministra obrany k odměňování příslušníků ozbrojených sil – studentů, v souladu s čj. 1127/33-1999-PFZO/1 a v souladu s čj. 4412-1/2003-7542, příloha 2.
Např. v roce 2009 bylo měsíčně poskytováno prospěchové stipendium všem studentům vojenského prezenčního studia formou osobního příplatku následovně:
studijní průměr 1,00 – 1 200,- Kč
studijní průměr 1,01–1,20 – 1 000,- Kč
studijní průměr 1,21–1,40 – 800,- Kč
studijní průměr 1,41–1,60 – 600,- Kč
studijní průměr 1,61–1,80 – 400,- Kč
Jiné formy stipendií u FVZ nebyly poskytovány.