Skupina B CPS je zaměřena na biologický výzkum a zahrnuje několik důležitých témat týkající zejména interakcí virových a bakteriálních patogenů s hostitelskou eukaryotickou buňkou. Pro tyto účely používáme vysoce soudobé vědecké technologie zahrnující fluorescenční mikroskopii, proteomickou analýzu, funkční genomiku, ale dále také real time PCR (včetně varianty RT-PCR) pro analýzu genové exprese a sekvenační analýu.
Z virových patogenů jsou v současné době studovány zejména viry HIV (a opičí analog SIV) a virus Varicella-zoster. Těžiště spočívá zejména ve studiích interakce těchto virů a buněk imunitního systému. Nepřímé efekty virové infekce na hostitelskou buňku, to znamená efekty nezpůsobené přímo infekcí buňky, ale deregulací intracelulárních signálů v neinfikovaných buńkách, zejména v oblasti buněčné aktivace a smrti, jsou jedním z hlavních témat těchto studií. Další projekty jsou zaměřeny na charakterizaci polymorfních receptorů buněk vrozené imunity.
Další téma - Interakce hostitelské buňky s bakterií Francisella tularensis - je studováno zejména z pohledu eukaryotické buňky a to ve smyslu reorganizace buněčných membránových domén a sledování osudu bakterie uvnitř hostitelské buňky V současnosti jsou hlavními oblastmi činnosti příprava mutantních kmenů bakterie Francisella tularensis (delece genů potenciálně podmiňujících virulenci bakterie), příprava setů založených na real time PCR pro identifikaci jednotlivých subspecies bakterie Francisella tularensis, příprava setů založených na real time PCR pro identifikaci původců hemoragických horeček, studium membránových domén buněčné linie J-774 v závislosti na interakci s bakterií Francisella tularensis, studium „traffickingu“ bakterie Francisella tularensis a jejích mutantních variant v buněčné kultuře J-774 a primární kultuře myších makrofágů, popř. dendritických buněk, studium in vivo indukovaných antigenů bakterie Francisella tularensis a manipulace s vysoce virulentní variantou bakterie Francisella tularensis (SchuS4) a příprava vzorků v laboratoři BSL-3. Výstupem našeho studia by mělo být účinné immunoprofylaktikum proti nákaze člověka (vojáka) bakterií Francisella tularensis .