B-program je zaměřen na studium patogeneze onemocnění vyvolaných bakteriemi a viry. V oblasti bakteriologie se studie zaměřují na objasnění faktorů virulence intracelulárního patogena Francisella tularensis a interakci tohoto patogena se složkou přirozené imunity – makrofágy. F.tularensis je původce onemocnění zvané tularémie, které může být za určitých podmínek život ohrožující (každoročně jsou tímto patogenem jenom v České republice nakaženy desítky lidí). Ve formě aerosolu jde o vysoce infekční agens, což je i důvodem jeho zařazení na seznam vojensky zneužitelných biologických zbraní. Díky tomuto faktu je tento patogen již po léta středem zájmu biologů, kteří se zabývají zejména vývojem bezpečné a plně charakterizované vakcíny použitelné v humánní medicíně. V současné době je dostupný pouze tzv. živý vakcinační kmen (LVS), který byl objeven v polovině minulého století. LVS má bohužel nedostatky, a to v podobě nejasného vzniku (není plně charakterizován), v omezené míře protekce (plně nechrání proti aerosolové formě nejvíce virulentního typu F.tularensis spp. tularensis SchuS4) a způsobuje příznaky nemoci. To vše je důvodem k dalšímu studiu mechanismů virulence F.tularensis, jejichž identifikace by mohla dopomoci k nalezení plně definované vakcíny proti tularemické nemoci. Kromě samotného patogena je potřeba studovat i odpověď imunitního systému. V tomto ohledu se soustředíme zejména na interakci F.tularensis s makrofágy. Horkým tématem je v tomto ohledu popis časné odpovědi makrofágů vyvolané kontaktem s F.tularensis a dále popis role vybraných proteinů na osud tohoto patogena poté co je endocytózou makrofágem pohlcen. V oblasti onemocnění způsobených viry je několik oblastí, které jsou studovány. První z nich je vývoj setu pro identifikaci původců hemoragických horeček založeného na metodě PCR v reálném čase optimalizované pro přístroj R.A.P.I.D. Kromě této vojensko-civilní tématiky se zabýváme i ryze civilní problematikou zaměřenou na studium signálních drah souvisejících s T buněčným receptorem, které mohou být významně ovlivněny např. virem spalniček, herpetickými viry či antiviry. To může v konečném důsledku vést k oslabení imunitní odpovědi způsobené sníženou funkcí T buněk. Tato problematika je studována zejména ve spojení s infekcí HIV. Další projekty jsou zaměřeny na studium genetických faktorů ovlivňujících funkce přirozené imunity, zejména NK buněk. Poslední oblastí výzkumu je molekulární epidemiologie viru Varicela-Zoster ve spolupráci s Katedrou epidemiologie FVZ.