V součinnosti s Univerzitou Karlovou v Praze, Lékařskou a Farmaceutickou fakultou v Hradci Králové a Univerzitou obrany, Fakultou ekonomiky a managementu zabezpečuje FVZ výuku a přípravu studentů v akreditovaných studijních programech - tříletém bakalářském studiu Zdravotnický záchranář, v šestiletém magisterském studiu obor Vojenské všeobecné lékařství a v pětiletém magisterském studiu oboru Vojenské zubní lékařství a Vojenská farmacie.

FVZ má akreditovány doktorské studijní programy Epidemiologie, Infekční biologie, Lékařská mikrobiologie, Toxikologie, Vojenská hygiena, Vojenská chirurgie, Vojenská radiobiologie a Vojenské vnitřní lékařství. V těchto lékařských oborech připravuje vysoce vzdělané odborníky v prezenční a kombinované formě studia.

Podle požadavků organizuje a zabezpečuje specializační a celoživotní vzdělávání lékařů, farmaceutů a dalších pracovníků ve vymezených oborech. FVZ zabezpečuje i výuku aktivovaných zdrav. pracovníků - lékařů, sester a dalšího zdravotnického personálu. Organizuje a provádí odborné doškolování lékařů, nelékařských zdrav. pracovníků i nezdravotnických pracovníků. Participuje na periodické přípravě lékařů a zdravotníků vysílaných do zahraničních misí. Zabezpečuje kurzy rozšíření první pomoci v poli jak pro příslušníky zdravotnické služby, tak i pro profesionály-nezdravotníky. Kurzy BATLS/BARTS (Battlefield Advanced Trauma Life Support) a BARTS (Battlefield Advanced Resuscitation Techniques and Skills) pro lékaře a zdr. sestry či zdravotníky jsou rozšiřovány o problematiku zdravotnické ochrany NBC a stávají se zlatým standardem. FVZ realizuje rovněž asi 100 vzdělávacích a výcvikových akcí stanových "Plánem kurzů a odborných stáží zdravotnické služby AČR".