Studium v doktorských studijních programech je zaměřeno na vědecké bádání a na samostatnou tvůrčí činnost v oblasti výzkumu. Studium probíhá podle individuálního studijního plánu pod vedením školitele.
Standardní doba studia je tři roky v prezenční formě a čtyři roky v kombinované formě studia. Studium se řádně ukončuje státní doktorskou zkouškou a obhajobou disertační práce. Absolventům studia v doktorských studijních programech se uděluje akademický titul ”doktor” (ve zkratce ”Ph.D.” uváděné za jménem).
Katedra Leteckých elektrotechnických systémů garantuje ve studijním doktorském programu "Vojenské technologie", studijního oboru "Elektronické a zbraňové systémy" následující předměty.